Les coûts complets de la recherche se composent de frais directs et indirects. Assumés entièrement, ils permettent d'assurer un environnement propice à une recherche compétitive et de qualité.

Les frais indirects de recherche font référence à des frais d'exploitation découlant des projets de recherche. Ils comprennent les frais liés à l'exploitation et à l'entretien des infrastructures, à la gestion et à l'administration des projets ainsi qu'au respect des différents règlements et normes en vigueur. Ces frais peuvent inclure, par exemple, des coûts d'achat ou de location d'espaces de travail et de matériel de même que des dépenses relatives aux télécommunications et à l'embauche de personnel administratif ou d'entretien.

Actuellement, les frais indirects de recherche sont sous-financés par les divers bailleurs de fonds. Les conséquences de ce sous-financement peuvent notamment se traduire par une augmentation des tâches administratives devant être assumées par les chercheurs, au détriment du temps consacré à la recherche, une détérioration des équipements de recherche, une réduction des services de base et une diminution de la compétitivité internationale de la recherche universitaire québécoise et canadienne.

Le gouvernement du Québec entend appuyer directement les frais liés aux locaux de recherche en tant qu'espace de formation, et ce, à même son programme financement des terrains et des bâtiments. Ces coûts représentent 18 $ ou 33 $ pour chaque 100 $ de frais admissibles liés à la réalisation de projets de recherche, selon la discipline.

D'autre part, la réforme aborde aussi l'aspect des services. Le coût des services correspond à un taux de frais indirects de recherche de 27 %. Cela signifie que pour chaque somme de 100 $ affectée à un projet de recherche, un montant additionnel de 27 $ doit être déboursé afin de pourvoir aux frais liés aux services administratifs. Ce 27 % sera attribué, sur demande et en fonction des dépenses admissibles, à tous les projets du gouvernement du Québec, en plus du soutien direct relatif aux espaces de recherche. Ainsi, les coûts complets de la recherche seront plus transparents. Cela contribuera à responsabiliser les acteurs quant à l'importance de payer ou de facturer les frais générés par les projets de recherche.

Les ministères, organismes et sociétés d'État du gouvernement du Québec reconnaissent que les établissements d’enseignement postsecondaire et leurs entités affiliées peuvent, en vue de s'acquitter des frais indirects liés aux services, facturer jusqu'à 27 $ pour chaque 100 $ de frais admissibles de recherche.

Les autres bailleurs de fonds de recherche (le gouvernement fédéral, les entreprises et les organismes à but non lucratif) sont fortement invités à participer en assumant l'ensemble des coûts générés par leurs recherches. Si de nouveaux projets de recherche sont financés, ces autres bailleurs de fonds devront prévoir une augmentation minimale de 40 % destinée à couvrir à la fois les coûts liés aux locaux et ceux liés aux services.

Tous les programmes finançant directement des projets de recherche sont concernés. Au ministère de l'Économie et de l'Innovation, par exemple, le Programme de soutien aux organismes de recherche et d’innovation comporte une aide directe pour les projets de recherche. Les projets présentés doivent donc inclure les frais liés aux services.

Même si les sommes qui servent à financer la recherche transigent par d'autres acteurs, les frais indirects devront être versés aux établissements effectuant la recherche, par exemple les cégeps, les universités ou les hôpitaux.

À moins d'une entente spécifique, un partage des sommes au prorata de la répartition du financement direct de recherche devrait s'appliquer.

Les ministères, organismes et sociétés d'État du gouvernement du Québec doivent reconnaître, à partir du 1^er avril 2014, que les établissements d’enseignement postsecondaire et leurs entités affiliées peuvent facturer jusqu'à 27 $ pour chaque 100 $ de frais admissibles de recherche, et ce, en vue de s'acquitter des frais indirects liés aux services. Les ententes signées avant cette date et prévoyant des versements après le 1er avril 2014 ne seront pas sujettes aux présentes dispositions. Les nouvelles ententes devront toutefois en tenir compte.

Par ailleurs, il faut être conscient que certains cadres normatifs régissant les programmes, de même que certains budgets, devront être ajustés afin de remplir pleinement cette obligation. Ainsi, même si cette obligation est en vigueur, la mise en place pourrait impliquer certains délais.

Le gouvernement du Québec n'entend plus couvrir les frais indirects de ces organismes, et ce, en vertu du principe du pourvoyeur-payeur. Cela étant dit, le gouvernement du Québec est conscient que ce type d'organisme présente certaines spécificités. Par conséquent, en lien avec les partenaires, des travaux visant à sensibiliser ces organismes à l'importance d'assumer les frais indirects seront entamés. La réforme n'entend pas pénaliser les universités par ce retrait; les sommes jadis versées seront réinvesties au titre des espaces de recherche.